L’isola di Zannone ha una particola conformazione a “guscio di testuggine”.
Differentemente da Ponza e Palmarola, Zannone conserva la flora originaria, tra cui un boschetto nella parte nordorientale dell’isola. Inoltre la presenta di un piccolo crostaceo nifargus longicaudatus costa, diffuso nelle acque sotterranee dell’Appennino centromeridionale e nel nord della Sardegna, rafforza l’idea che quest’isola fosse connessa al continente nel Cenozoico (1 milione di anni fa circa). Il piccolo crostaceo si sarebbe quindi adattato a vivere in un ambiente marino caratterizzato però da piccole quantità di acqua dolce . L’isolotto di Zannone, infatti era l’unica tra le tre isole a possedere una piccola sorgente di superficie di acqua dolce, il chè favorì lo stanziamento di popolazioni su quest’isola. Altre specie che possono trovarsi a Zannone sono colonia di mufloni importata dalla Sardegna all’incirca160 specie si uccelli. Sono molto interessanti anche i resti archeologici dell’isola ; una villa romana, una peschiera scavata nella roccia vicino a Punta del Varo e Il monastero del S. Spirito: i resti del monastero cistercense abbandonato nel XIII secolo.